Les entreprises doivent présenter aux vérificateurs tous les documents comptables que la loi leur prescrit de tenir pour justifier leurs déclarations. Lorsque la comptabilité est tenue au moyen de systèmes informatisés, l'entreprise doit remettre au début des opérations de contrôle une copie des Fichiers des Ecritures Comptables (FEC) sous forme dématérialisée.

Lors d'une vérification de comptabilité, le vérificateur examine sur place la comptabilité de l'entreprise et la confronte à certaines données de fait ou matérielles : ils effectuent des déplacements dans les commerces et restaurants à l’heure des services et d’affluence.

Ainsi, ils contrôlent les déclarations souscrites et s’assurent des éventuels redressements nécessaires, qu'il s'agisse de revenus catégoriels soumis à l'impôt sur le revenu, d'impôt sur les sociétés, de taxes sur le chiffre d'affaires ou de droits d'enregistrement.

Le vérificateur peut également examiner les opérations figurant sur des comptes financiers utilisés à la fois à titre privé et professionnel (comptes « mixtes ») et demander au contribuable tous éclaircissements ou justifications sur ces opérations.

Pour la majorité des impôts, le délai de reprise (ou de prescription) est de 3 ans. Il est toutefois plus exact de dire que le droit de reprise de l’administration s’exerce jusqu’à la fin de la 3ème année suivant celle au titre de laquelle l'imposition est dû. Ce principe s'applique aux principaux impôts (IR, IS et TVA).

La loi prévoit plusieurs cas de prorogation du délai de reprise en cas de fraude fiscale ayant donné lieu à un dépôt de plainte et ouverture d’une enquête judiciaire (prorogation de 2 ans), d’activités occultes (délai porté à 10 ans), de flagrance fiscale (délai porté à 10 ans), de non-déclaration de certaines opérations à l’étranger (délai porté à 10 ans) ou de recours à l’assistance administrative internationale.